La chiesa di Sant'Andrea sorgeva nel luogo in cui ora si trovano il teatro Signorelli e il loggiato antistante il suo ingresso; fondata già in epoca paleocristiana, era orientata verso ovest, aveva probabilmente tre navate ed era absidata: trovandosi di fronte al palazzo comunale, era forse utilizzata per le cerimonie ufficiali del Comune. La chiesa, soppressa e annessa al Demanio sotto il regno del granduca Pietro Leopoldo, fu abbattuta nel 1788 e sostituita da un loggiato per il mercato dei cereali. L’immagine della Vergine a mosaico era collocata su una parete laterale: dopo la distruzione della chiesa fu collocata sotto il nuovo loggiato e quindi nel palazzo comunale; fu infine trasferita nel Museo dell’Accademia.