Nell’attuale sistemazione del museo, si è cercato di collocare i pezzi più rappresentativi in modo da restituire l’aspetto di una residenza nobiliare. Nella prima saletta, un’anticamera, assieme a ritratti di vari personaggi della casa Tommasi, si trova un’elegante commode settecentesca con parti intarsiate e piano in marmo e medaglione in pietre dure di manifattura fiorentina; nella sala successiva è ricostruita la camera da letto di Giovanni Battista Tommasi, Gran Maestro dell’Ordine Gerosolimitano e Principe di Malta, (alla cui flotta apparteneva la galera raffigurata nel modello) con il grande letto a baldacchino, il suo ritratto (nella foto in alto), ed altri cimeli legati alla presenza dell’Ordine a Cortona. Nel corridoio sono presentate una serie di incisioni, oggetti in avorio e miniature: interessanti una scacchiera cinese del XIX secolo, una serie di ventagli, e alcune miniature: su tutto domina il ritratto di Giulia Tommasi Baldelli, ultima discendente della famiglia. L’ultima della serie di stanze dedicate alla collezione Tommasi contiene armi da cerimonia, da duello e da parata, livree già appartenute alla casata e un forziere in ferro battuto con meccanismo di chiusura di estrema complessità e qualità esecutiva.